真誉收到一封来自遥远星空的入学邀请函，称霸宇宙一角的高智慧人形生物邀请她前往星辰学院陪一名孤独少女莉莉的思度过青春期。根据邀请函的附加内容，真誉可以带一名同伴，就这样．她与凌霄一起代表地球踏上了这段未知的“求学”之旅。
在星辰学院里，真誉与凌霄奇迹般地与花音、盟以及火棘重逢了．又陆续地结交了来自不同星球、性情各异、同样是人形的新朋友。他们一起展开新奇而热闹的校园生活。
星辰学院的主角莉莉思却一直没有现身，从宇宙不同角落会聚而来的同学们不禁产生疑惑一一这所学院到底是为谁而设。它隐藏着什么秘密?
在星辰学院*的校庆活动中，与莉莉思相关的秘密被粗鲁地曝光．有的同学从真相中感受到善意，有的同学则从中感受到恶意。星辰学院还因此面临被关闭的危机……
但请相信。蔷薇少女馆永远为少女们服务，友爱与梦想永远同在．不受时间与空间所限制。