桐人进入这个神秘的幻想世界已经两年了。
他与好友尤吉欧在“北圣托利亚帝立修剑学院”成为了“上级修剑士”，以人界最强的秩序执行者“整合骑士”为目标，过着勤奋修行的日子。
两人在成为上级修剑士后，身边各自多出了一个侍从。桐人的侍从叫罗妮耶，尤吉欧的侍从叫蒂洁。四个人结下了深厚的友谊，过着充实的修士生活，然而就在此时——
“恶意”突然降临了。
罗妮耶和蒂洁被卑劣的贵族们所陷害，目睹了这件事的尤吉欧想要对他们拔剑相向，身体却因为对教会的信仰而无法动弹。就在此时，尤吉欧的右眼传来一阵剧痛，浮现出了奇怪的符号。
那是一串尤吉欧无法解读的神圣文字。
——“SYSTEM ALERT”。