这是一部关于盗梦和秘密的迷宫辞典体小说，包括一明一暗两条线索：历史线索和魔幻线索。历史线索即作者明确告诉我们的，历史上出现过一次哈扎尔大论辩，目的在于帮助哈扎尔可汗选择宗教。在可汗邀请下，基督教、犹太教和伊斯兰教的代表都汇集到哈扎尔首都，举行了一次大论辩。对于辩论结果，各个宗教都有自己的说法。由于哈扎尔人自己写的历史已淹没无闻，只能通过基督教、犹太教和伊斯兰教的文献来佐证这次大论辩的结果。但三个宗教记载的结果相互矛盾，都认为自己是胜者。作者把全书分成三部分，《红书》中讲述基督教的说法，《绿书》讲述伊斯兰教的说法，《黄书》讲述犹太教说法。哪种说法为真，书中没有明言，留给读者自己去判断。
魔幻线索隐藏在明线之中，需要读者抽丝剥茧。公元9世纪，阿捷赫公主坚守哈扎尔人独有的捕梦者宗教，相信梦中人能在不同人梦里穿越，捕梦者通过采集人的梦，可以整理出关于“第三天神阿丹•鲁阿尼”的知识，从而获得宇宙的秘密，并无限接近上帝。公主和她的爱人各写了一本书，书中讲述捕梦法以及如何获得第三天神神性的方法。这两本书即《哈扎尔辞典》的源头，由两人所写，就有了阴阳本的区别。此书令魔鬼们害怕，他们让公主爱人死去，公主也被剥夺了说话能力，书散失了。那些无意中悟出盗梦真谛的人们曾两次试图将书还原，他们根据梦境和零星线索，分别在1691年和1982年出版了《哈扎尔辞典》，但他们的尝试都被魔鬼阻断了。到1982年，第三天神的神性处于高峰期，三个魔鬼担心三个盗梦人成功收齐辞典，就杀死其中两位，把另一个关进牢房，使这个知识再次成为断片。这些断片汇集成了第二版，也就是如今读者手上的《哈扎尔辞典》。