为争夺统治权，幕府与天帝家两大势力在巨大都市天府展开了明争暗斗，而机巧技术的出现让双方的争斗更加白热化。
幕府密探田坂甚内受命调查隐居天府郊外的机巧师钉宫久藏，发现久藏与三十年前的一起倒幕事件有密切关联，而和久藏生活在一起的少女“伊武”竟是与真人无异的机巧人偶。机巧之术能制造出精致的机关器械甚至宛如活物的鸟兽，然而却无人知晓本应没有灵魂的机巧人偶为何能如人一般思考、行动，如人一般拥有喜怒哀乐。多方打探后，甚内意识到一切线索都指向天帝家代代秘传的“神代之神器”。
甚内远赴京城展开调查，试图揭开这个尘封已久的秘密。与此同时，蛰伏许久的天帝家也开始了行动……