狂気に駆られたサーヴァント、キャスターことジル・ド・レェの暴走により、聖杯戦争の展開は思わぬ方向へと転がり始める。刻々と移り変わる戦況の中で、いよいよ交錯し、入り乱れる群像劇――マスターとすれ違い続けるディルムッド。ライダーの強さを前にして、自らの戦いの意義に悩み始めるウェイバーと、いよいよ遠坂時臣への憎悪に身を焦がす間桐雁夜。そして衛宮切嗣の策謀が非道を極めるのを目の当たりにしたセイバーは、ついに騎士王たる誇りの限界に達する。
一方その頃、己が魂の在り方について葛藤し続ける言峰綺礼は、次第に恩師、時臣の方針から脱線しはじめる。そんな若き神父の苦悩を諫言で玩弄する英雄王ギルガメッシュ。次なる時代を運命づける陰謀の萌芽は、刻一刻と成長を遂げていく……。
風雲急を告げる展開の中、いよいよ佳境を迎える『Fate/stay night』外伝第三巻。一人また一人と力尽きていく乱戦の中、最後の戦いへと駒を進めるのは、果たして――！？