本书与金庸另一部小说《飞狐外传》情节相关联，但又各自独立。故事发生在清代乾隆时期的关外。饮马川陶百岁、陶子安父子从雪山中挖出一件宝物，封于铁盒之中。北京平通镖局总镖头熊元献带一伙人来抢夺，却被天龙门北宗阮士中、曹云奇、田青文与南宗殷吉劫去。大家拼打之间，一个名叫宝树的丑陋和尚赶到。宝树强“请”众人来到一高耸入云的玉笔峰山庄做客。因山庄主杜希盂外出未归，客人吃饭闲聊。
原来庄主邀请武林高手在此会一位盖世英雄——雪山飞狐胡斐。午前胡斐派二童子送信，称午间践约。玉笔峰上众人重新争夺铁盒，宝树倚强将铁盒持在手中，令人打开，内装一柄宝刀。
宝树谈起宝刀的来历，继而，分别由宝树、金面佛大侠苗人凤之女苗若兰、平阿四及陶百岁之口讲述了与此相关的一段武林往事。
此宝刀乃闯王李自成之遗物。闯王兵败时，身边有胡苗范田四大侍卫。闯王被困九宫山时，派苗范田三人去求救援，胡侍卫护卫闯王。但救援未到、敌兵先至，胡侍卫以一死卒充闯王献于清兵，然后将闯王安置一隐秘庙中为僧。胡侍卫因得清兵信任升官，苗范田三人却以为胡出卖闯王，定计报仇。三人行刺吴三桂时巧遇胡，不及胡陈明原委即将胡杀死。以后胡之子以实情告知三人，三人当众自刎。三人后代未知内情，苗范田遂与胡世代为仇。百余年来，四家子孙怨怨相报，无一代能得善终。
至胡一刀、苗人凤一代仍继先辈之仇。胡一刀护妻去南方生产，至唐官屯突然临产，此时恰与来此寻仇之苗人凤、田归农等人相逢。胡一刀遣人将当年实情告苗，却因田归农从中做梗而未达。胡苗遂有一场苦战。交战几日，二人仗义行侠之豪气与各怀之绝艺使对方顿生钦佩，虽为仇家却彼此视为知己。因田归农在二人比武之兵器上暗涂毒药，胡一刀以小伤毙命，胡夫人将幼子托与苗人凤，随夫自尽，田归农欲加害幼子，幸为平阿四救下，抚养长大，取名胡斐，按胡一刀遗下之刀谱练成绝技，称名武林，为雪山飞狐。
这日正午，胡斐如约至玉笔峰，峰上诸人因各怀鬼胎，惧怕胡斐，俱避内室。苗若兰镇定而出，接待胡斐，二人顿生爱恋。因庄主不在，胡斐暂避峰下。峰上之人谈及宝刀为当年闯王获明皇室宝之藏处指南，遂按宝刀所示，众人于峰后寻巨宝藏处。行前宝树将苗若兰点穴、田青文脱去若兰衣裤置其床上帐内。胡斐再至峰上，进内室，忽闻庄主约大内侍卫与武林高手来此围捕自己与苗人风，急避帐内，遭遇只着内衣之若兰。苗人凤来至峰上，不意中奸人之计被绑，胡斐勇出杀敌救苗人凤。但当苗人凤又见胡斐所出之床上尚有只着内衣的女儿时，认为胡斐乃奸恶小人，追击胡斐。
胡抱若兰逃下峰去，巧见寻宝诸人于藏宝洞因贪婪彼此厮杀，遂将诸人关闭石门之内，使其永不见天日。二人倾诉爱意、私定永好，苗人凤却已赶到，约胡斐到一险处相斗，数十回合不分上下。当二人落至一悬岩之上，悬岩已然松动，不能承二人之重量。此时苗人凤进招现出弱点，胡斐趁机进招即可将其翻下悬崖，但对手乃恋人之父；若不下手，则对方进招自己当落得粉身碎骨。这一刀他是进是退？作者把答案留给了读者。