为了破除封建制度的魔障，黄石不动声色地开始对自己的军队进行了巨大的整改，对内解散私兵、“克扣军饷”，对外进行海贸，短短几年，他成功地摘掉了“厕所将军”的可笑帽子，而最不起眼的长生岛救火营也开始名动天下。
经过旅顺战役之后，黄石和他的救火营逐渐在东江军中站稳了位置。在盖州一带，黄石巧妙地借用自己的历史知识，一举狂胜后金军队，狠狠挫伤了整个后金军的士气。明朝的整个环境也因为战事捷报频传而获得了一个宝贵的相对稳定的发展机会，农业、商业蓬勃发展。
随着阉党和东林党的党争日益激烈，东林党逐渐淡出历史舞台。亳无根基的阉党头目魏忠贤为了稳固地位，极力拉拢黄石这颗耀眼的新生代将星。而苦苦挣扎的东林党元老也对这朵军事奇葩青睐有加、着力栽培，希望能够依靠军队的力量重振雄风。借着这阵阵东风，黄石志得意满，离心中那最大的理想更加接近。然而就在黄石感觉到身边的危险都逐渐远去时，一个更大的危机正在向他靠近……