大战之后的帝国变得极其虚弱。黄石率其部队回到福建，却发现此处海防已经极其混乱。海贼势力日渐坐大，竟有垄断海上贸易之势。黄石力主严剿海盗，绝不招安他立下重誓，势必于两年内剿匪成功。剿匪的资金全由黄石承担。重压之下黄石决定采用“靖海大借款”筹措资金。大明海军经黄石整改焕然一新，毅然发动了对海寇的第一次清剿。
同时，朝廷因平辽一事再起波澜。袁崇焕毛遂自荐五年内定平辽事，崇祯帝给予其大力支持。崇祯二年，皇太极宣布起兵伐明。同年，皇太极创造了一个军事奇迹，他成功地奇袭了大明蓟镇此时黄石率舰队跨越了千里的大陆和海洋向后金军疾驰而来，将其围追堵截于遵化城，一场针锋相对的殊死战迫在眉睫！