《鹤惊昆仑》讲述的是主人公江小鹤（成名后改号江南鹤，贯穿《宝剑金钗》、《剑气珠光》、《卧虎藏龙》）少年遭遇家变、遭受欺凌、后矢志复仇的成长故事，及其与仇人孙女鲍阿鸾的爱情悲剧。
江小鹤之父江志升，为陕南镇巴县昆仑派老侠鲍振飞（人称鲍昆仑）的弟子。志升于鲍振飞门下学艺三年，武艺为振飞三十余门徒之冠。然因其武艺强于鲍振飞子鲍志霖，且恃武性傲，装貌风流，引振飞不满。振飞青壮年因其妻奸情而弑妻，遂痛恨好色奸淫，对徒众中犯科者尤为残忍，虽痴情重恋而未犯礼禁者亦必残之以后快。志升对振飞心怀愤懑，恃才而犯禁，诱里邻之妻，与鲍振飞师徒决裂，遭其率徒众追杀。志升逃走，夜中复返家取银钱。鲍振飞同其宠徒龙志腾、龙志起再度追击，于山中杀江志升，抛尸山涧。
志升遗妻与二子江小鹤、江小鹭，小鹤时年十二，性顽悍无畏，振飞深恐，欲于野田杀之。小鹤烂漫无惧，以为振飞欲与之戏，振飞遂不忍杀，反赠匕首与之。小鹤之姨夫志升之师兄马志贤见匕首乃知鲍振飞心事，藏志升妻小于家中铁铺。二年后，小鹤于市井得知其父真实死因，携匕首至鲍家欲杀振飞未果，振飞推罪于其宠徒龙氏兄弟，复以传技诱之。受振飞安抚，小鹤为其牧马放猪，未尝得武技之授，并饱受振飞子鲍志霖欺侮，然私恋鲍阿鸾，乃不忍离去。龙志腾、志起于川北受挫于阆中侠徐麟，遁入鲍家。小鹤于深夜潜入龙氏寝室，刺伤志腾，后得振飞徒鲁志中护助南逃投阆中侠，欲学艺报仇。途中结友伍金彪、杨先泰、焦德春等人。后拜阆中侠府，陈复仇之志，与徐麟共赴镇巴欲杀鲍振飞。阆中侠败于鲍振飞后，命小鹤拜开封高庆贵为师。小鹤舍镇巴奔开封，于终南山子午镇遇九华老人，九华老人查其心境凄惨，问知其仇怨，感其身世与志向，乃于暗中护送，显轻功越秦岭，施点穴毙盗寇。鲍志霖、葛志强等昆仑徒众与秦岭山中追杀小鹤，九华老人点残鲍志霖、踩断葛志强钢刀，惊退诸凶。小鹤遂拜九华老人为师，于九华山中学艺十年，乃下山寻鲍昆仑复仇。
鲍志霖、葛志强追杀江小鹤未果，回镇巴与鲍振飞复命。振飞得知小鹤随九华老人而去，受惊昏厥。醒后悲怆曰己数十年江湖中行事过厉，晚年必遭江小鹤恶报，小鹤复仇之日，昆仑一派必瓦解。然其心强暴，不甘待毙，乃倾私秘拳刀技与徒众共习练，欲以人数之众缚强仇。十年操练乃使昆仑一时强盛，称霸关中-陕南-川北，龙志起等益复恃强横行。
越十年，小鹤自九华出，声名渐起，徐徐赴镇巴地。昆仑派自知危急，乃召集川陕豪强以待小鹤。长安城大雁塔下，葛志强子少刚嫉李凤杰，言辱之，复以刀刃袭。凤杰断葛少刚臂，破昆仑众人之围。龙门侠纪君翊之孙纪广杰助昆仑徒众逐李凤杰。凤杰文武风流，折服纪广杰。凤杰复遇小鹤，互敬武艺人品，结为盟兄弟。广杰武艺超群，鲍振飞欲借其毙小鹤，乃以孙女鲍阿鸾许之。阿鸾不胜悲，情牵小鹤旧谊，心忧昆仑厄运，爱恨纠缠，乃日日以刀斫少时与小鹤许约之槐树。广杰自负少年英侠，一时无匹，为得阿鸾，乃欣然为鲍昆仑役用，沿途留缉拿江小鹤之私令，欲激其出，与之斗。小鹤途中随之，于广杰衣衫留字迹以讥之，复诱其至武当山与道士争斗。小鹤复念阿鸾，约之于长安灞桥，昆仑众设伏欲击之，小鹤杀伤数人乃逸。灞桥之役，昆仑惊悚。小鹤夜夜潜昆仑徒众宿处，若来去无人境，昆仑徒众一时惶恐。退败途中，于秦岭山中受胡立匪帮袭，阿鸾伤，被俘，小鹤救之。后阿鸾被铁杖僧挟走。小鹤追杀鲍振飞龙志起，于川北通江杀龙志起，掳鲍振飞。伍金彪押振飞至川陕鄂交界的瘟神镇，为铁杖僧所杀，僧解鲍振飞之缚，欲杀江小鹤，为江小鹤所败，哑侠暗中护小鹤，杀铁杖僧。小鹤与九仙观寻得阿鸾，遭铁杖僧师姐道澄袭击，败道澄，与阿鸾诉衷情。阿鸾伤重不治，小鹤大悲，随阿鸾灵柩归镇巴。见村口许约之树刀痕历历，恨斯人已逝，不胜泫然。
后鲍振飞自杀，小鹤归九华，乃成一代大家，与李慕白之父李凤杰同驻江南。