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公历2099年，世界爆发大范围核泄漏事故，进而引起全球性连锁反应，地球陷入水深火热之中，10年后幸存的1000万人类中一部分通过“蜃气楼技术”移居至深海蜃气楼生存，这些人当中有少数超速进化成新人类，拥有“CODE”能力；一部分仍在地表生存，而这些人已变异为新生物——“工蜂”。蜃气楼中新人类与普通人类虽频起冲突，但却共同击退了工蜂的大举入侵；并且共同建立了用来保卫人类的附属战略岛屿“箱庭岛”。
伊莱、卢卡、音羽、源夏依四个少男少女参加雅典娜机关入学考试时，却意外遭阿瓦隆人突袭而被取消考试资格，四人结伴凭借自身超能力成功突围并制服阿瓦隆人。从此，四人阴差阳错地组成小队调查突袭事件背后的阴谋，并在神秘黑衣人的指示下，展开更加危险极具挑战的冒险。