背景设定在炼金术相当发达的世界。
爱德华·爱力克和他的弟弟阿尔冯斯十分思念亡故的母亲，为了再次见到母亲的微笑，而进行炼金术中最大的禁忌“人体炼成”──亦即让死者复活的炼成术──可是炼成失败时的反弹效应，爱德付出“通行费”左脚、阿尔则失去全身。
为救回弟弟，爱德牺牲自己的右臂作为代价，将弟弟的灵魂固定在一副铠甲上；而失去的右臂和左腿则由钢制义肢“机械铠”来替代，因此在取得国家炼金术师资格时、大总统给予“钢”的称号，人们称之为“钢之炼金术师”。
大陆历1911年，爱力克兄弟为取回他们所失去的一切，开始踏上了旅程。