《蝴蝶君》于1986年10月完成，1988年2月在华盛顿国立剧院首演，3月移师百老汇公演，大受欢迎，获当年托尼奖最佳戏剧奖，之后又获奖无数。1993年，由他亲自改编剧本、大卫·柯南伯格执导、杰瑞米·艾恩斯和尊龙主演的同名电影上映，更使《蝴蝶君》的影响遍及全球。
《蝴蝶君》以冷战背景下一位法国外交官与一位中国京剧旦角演员之间敷演的一出间谍迷案为“本事”，以著名歌剧《蝴蝶夫人》作为颠覆的原型创作而成，着力探索的是民族与种族、东方与西方、性别与政治、身份与认同，乃至殖民与后殖民等等重大文化命题。可以说兼具了学院与民间、精英与大众的审美趣味和关注热点。
“黄哲伦有可能成为自阿瑟·米勒后在美国的公众生活中第一个重要的剧作家，而且，很有可能，他还是最好的剧作家。”
——《时代》周刊
“《蝴蝶君》有时会被认为是一部反美国的戏剧，是对西方支配东方，男人支配女人的模式化观念的一种谴责和反对。恰恰相反，我把它看成是对各方的一个请求，希望它能穿透我们各自的层层累积的文化的和性的误识，为了我们相互的利益，从我们作为人的共同的和平等的立场出发，来相互真诚地面对对方。”
——黄哲伦
“希望这个剧本能够帮助更多的中国人认识到我们是谁，同时也认识到把我们变成我们的‘他们’是谁。”
——张生