故事从2008年说起。台湾高中生林雨蓝参与两岸青少年交流夏令营来到大陆，寄住大陆表姑妈林青青家，结识了大陆高中生何明睿。两人一起观看北京奥运，一起游玩。林雨蓝说起家乡花莲看到的海洋奇观——蓝眼泪，能够见到它的情侣爱情将得到妈祖的祝福。何明睿画了一幅蓝眼泪的油画送给了她，并希望林雨蓝将来能到大陆的大学来念书。
林雨蓝回到台湾后，母亲谢思虹却认为大陆的教育怎么比得上台湾？逼她考台大医学院。孝顺的林雨蓝只好顺从，与何明睿的联系也渐渐中断。大四那年，大陆的一个生物医药学术访问团来台大交流访问，林雨蓝意外地见到了团员之一的何明睿。她带着何明睿接触自己的同学、朋友，体验台北的生活，何明睿初步了解了“小确幸”的这一代台湾年轻人跟大陆年轻人在一些方面的不同。何明睿与林雨蓝的爱情得到了林爷爷的首肯，却被林母谢思虹生硬地打断了。何明睿伤心离去。
一年后，成为实习医生的林雨蓝参与台大医院与上海协和医院的交换项目，来上海实习，见到了在上海一家大型生物科技公司工作的何明睿。他们公司与上海协和医院有项目合作，何明睿是这个合作项目的负责人之一。更令她难过的是，他的身边已经有了一个漂亮“女友”吕卓晴，她是这家公司老板吕谦的亲侄女。一场情感的大战不可避免。而四十多岁温文尔雅的吕谦却发现林雨蓝很像自己曾经的恋人，对她产生了莫名的情感。而当身患癌症，自愿成为林雨蓝医疗项目试验对象的表姑妈林青青来到上海，却发现吕谦就是他曾经深爱的恋人。这时候，林母为了阻止林雨蓝留在大陆，也来到了上海……而何明睿和林雨蓝发现，何家和林家之间，还有在1949年国军败退台湾之际发生的一段令人痛惜的恩怨纠葛……