全书共三编，上编集中讨论晚明佛教与其时宫廷政治的关系，通过聚焦慈圣李太后奉佛及礼事高僧、崇祯帝在本土释道与外来天主教之间的选择、憨山德清乙未之狱、紫柏真可“妖书案”等事件，在重新厘清各自原委、经过，并试图揭示更为隐秘的动机的同时，抉发隐伏在信仰生活背后与晚明党争密切相关的诸多政治、宗教势力较量的暗脉。中编围绕“方册藏”的刊刻事业，展示高僧与奉佛士大夫之间的互动，尤以密藏道开与冯梦祯两位重要助力者为例，呈现僧界与精英士大夫错综复杂的关系，究明世俗社会中政治、经济等多重因素在刻经事业中的作用，以及此一事件对后世造成的长远影响。下编则是探讨晚明佛教的多种成色及其表现：如士大夫居士身上体现的本土宗教对佛教信仰的影响，文学艺术与佛教的联系，藏传佛教对汉地的影响及其本土化吸收等，仍是以不同的个案，展示这个时代信仰生活的多元特征。