本書之校勘，以明嘉靖本為底本，此本為明、清以還各類叢書影印重刊，官私藏書家所藏，流佈中外，傳世最廣的版本。主要校以浙監本、余修本及元刊本，同時參校賀本、塗本等其它各本而成。所以余英時教授盛讚：「這部《朱子文集》是根據現存最好的幾種版本，精心校刊標點而成的。」並專為本書撰寫序言。計全書共增補異文百餘處，或者一整篇，或者一二段，或者僅數字﹔多者達二百餘字，少者一二字而已，餘計千餘字之多。
凡本書所引經傳、諸子、史志及其它古籍只言片段者，盡可能覆核原文，比較異同，以資校勘。校勘本書所使用的各版本前後所刻序跋題記，是關於本書版本源流的重要記錄﹔《書錄解題》、《讀書附志》、《文獻通考》、《四庫全書總目》、《中國善本書提要》等，亦是了解本書歷史級版刻優劣得失的重要資料，一併附於書後，供讀者參考。
易言之，本套書是學術工作者及文史哲愛好者，不可或缺的藏書。