1961年出版的《宗教是什麼》，被譽為戰後京都學派最重要的代表作品，立基於「空的立場」，與西方的虛無主義、近代自然科學世界觀、基督宗教做正面對決，透過虛無主義以超克虛無主義。當哲學的虛無主義宣稱上帝已死，自然科學的世界觀認為世界完全是由機械性的自然法則所支配，兩者結合，無神論被提升到用來取代宗教的地位，西方近代文明就走入了虛無主義的困境。西谷認為宗教不是單純對超越次元的信仰與崇拜，而是以主體性的方式對實在的一種實在的自覺，也就是從大疑現前而參禪悟道，透過「空」以克服虛無主義。
第一章〈宗教是什麼〉和第二章〈宗教中的人格性與非人格性〉，說明如何才是探問「宗教是什麼」的正確方法，並分析虛無主義在現實世界會以什麼樣態呈現，從自然科學、哲學、宗教方面做有關其歷史發展的整體考察。第三章〈虛無與空〉提出空的立場，說明其與西方的虛無有何不同，如何能夠克服虛無主義。第四章〈空的立場〉從「有唯有與空為一才是有」來掌握事物的自體性的、非對象性的存在方式，闡明空有的關係，藉此再次凸顯空的立場之特色。第五章〈空與時間〉、第六章〈空與歷史〉則論述空的立場與歷史性的關係，說明時間在空的立場中會以什麼形態出現。
本書並非以既成的宗教現象為基礎，來解析、論述宗教的一般性特質，而是根植於坐禪體驗的西谷哲學，對大乘佛教自利利他菩薩行的深刻洞察與精彩剖析。因為「空」，所以每一個事物自體都可隨處為主，成為世界的中心，但也同時無化它自身，進入到其他事物之本，成為支撐其他事物的力量，絕對的自我否定即是自我肯定，在不斷實踐的過程中，達到「水清徹地，魚行似魚；空闊透天，鳥飛如鳥」的自在境界。