这本《藏传佛教寺院考古》是按大区域划分为三个部分组织的。第一部分是西藏寺院，第二部分是甘青内蒙古寺院，第三部分是内地的蒙元时期藏传佛教寺院遗迹。三个部分撰写的时间不同，写法也多有差异。
第一部分西藏寺院调查，包括三个地区的调查记即拉萨地区、山南地区、日喀则地区调查记和《阿里地区札达县境的寺院遗迹》、《西藏寺庙建筑分期试论》等，共九个题目。第二部分甘青内蒙古寺院调查偏重于明末以前的兴建。藏传佛教向北传播，首及青海，自青海再行扩展，其主要通道有五路：出当金口抵敦煌；沿疏勒河上游，出龚岔口至安西；经祁连，出扁都口抵张掖；经乐都，渡大通河，出河桥驿，北上永登、武威；经化隆，走临夏、永靖，东抵兰州。第三部分内地的藏传佛教遗迹，现只辑录蒙元时期在当时大都即今北京修建的两处佛塔史料和对南宋旧都临安即杭州的一些元代遗迹的初步考察。